ララが結城家の居候となってからリトの日常は大きく変化し、現在の結城家は、従来の住人であるリト、結城美柑の兄妹に加え、ララや彼女の妹であるナナ・アスタ・デビルーク、モモ・ベリア・デビルークも居候する状態となっていた。
姉のララ同様、リトに恋心を寄せるモモは、『TL』最終回でリトが春菜に告白しようとする場面を目撃していた。
その後、ララの言葉を聞いたモモは、自分やララ、春菜など、リトに思いを寄せる女子が全員幸せになる方法としてリトを中心とした美少女ハーレムを思いつき、その実現を目指して行動を開始する。
一方、リトの命を狙う刺客として登場した殺し屋・ヤミは、リトやララとの交流を経て、地球で平穏な生活を送っていたが、ある日、彼女に1人の少女が話しかけてきた。
その少女は黒咲芽亜といい、彼女のマスター・ネメシスとともに、ダークネスを発現させる「ダークネス計画」を目論んでいた。
こうして、モモが実現を目指す「ハーレム計画」と、ヤミをめぐる「ダークネス計画」の2つの計画を軸に、物語が展開されていく。